グラスの中の水は、少ない方が音は高くなります。

グラスを叩くとグラスが振動して音が出ますが、水の量が増えるに従って振動数が減ります。
振動数が少ないと、音は低く聞こえます。

グラスが空の時はグラスだけが振動するので高い音が出ますが、
グラスに水を入れた場合はグラスと水の両方が振動します。
振動する質量が増える事で振動数が減り、低く聞こえる事になります。